Sua edificação data do início do século XVII, provavelmente, de 1612, pois não há certeza devido ao desaparecimento dos arquivos durante a invasão holandesa. Foi matriz até 1671 (Nóbrega, 1982).
Obra pertencente ao estilo maneirista, primeira fase do barroco, é especial pela sua simplicidade e chama atenção por seus grandes paredões de pedra cálcarea e argamassa. Inclusive, é a única igreja antiga de João Pessoa a conservar a construção original do seu exterior (Rodriguez, 1992).
Autêntico representante da arquitetura colonial da Paraíba, em 1938 a Igreja da Misericórdia é tombada pelo Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional. Já foi remodelada duas vezes (Nóbrega, 1982), mas apenas em seu interior (Rodriguez, 1992).
A Igreja da Misericórdia é de propriedade da Santa Casa de Misericórdia (Rodriguez, 1992). Ainda hoje é utilizada para culto religioso católico, localizando-se à rua Duque de Caxias.